La alternaria (Alternaria alternata pv. citri), o mancha marrón del mandarino, es una enfermedad para la que la lluvia y/o una humedad relativa alta y temperaturas cálidas son factores que favorecen su desarrollo en variedades como Fortune, Nova, Tangelo Minneola y Murcott. Como publica la Red de Alerta e Información Fitosanitaria de Andalucía (RAIF), en general todos los mandarinos híbridos procedentes de mandarino Dancy, como los tres primeros, son susceptibles a la mancha marrón del mandarino. Sin embargo, es posible obtener híbridos resistentes derivados de algunas de estas variedades susceptibles, como Safor o Nadorcott.